Patagonien hat eine Fläche von etwa 1.000.000 km². Drei Viertel davon befinden sich in Argentinien und nur ein Viertel in Chile. Patagonien befindet sich ungefähr zwischen dem 40. und dem 55. Breitengrad. Das Gebiet beginnt im Norden in Argentinien am Fluss Rio Colorado und in Chile am Golf von Reloncavi. Im Süden wird es durch das Kap Hoorn begrenzt und der Pazifik und der Atlantik sind die West- und Ostgrenzen.
Ein typisches Merkmal Patagoniens sind die starken Winde, die das ganze Jahr über von Westen und Süden blasen. Diese Winde kommen aus dem Stillen Ozean und sind sehr feucht. Sie verlieren ihre Feuchtigkeit in den Anden, vor allem über den Steppen im Osten von Chile. Die warmen Luftmassen steigen langsam ab und das Klima wird gegen Osten hin trockener, es regnet weniger (3.000mm in den Anden und 100mm in Santa Cruz, Argentinien).
Das Gebiet Patagoniens wird im Allgemeinen den Wüstenlandschaften zugeordnet. Der Boden besteht hauptsächlich aus vulkanischem Gestein aus dem Mesozoikum, wodurch sich eine Mischung aus Gebirge und Steppe gebildet hat.
Die Flora ist in der Steppe eher karg, doch im Gebirge ist genau das Gegenteil der Fall. Eine überwältigend reiche Fauna findet man im ganzen Gebiet, wobei die Artenzahl der Vögel relativ niedrig ist, während es ungewöhnlich viele verschiedene Säugetiere gibt, besonders viele Nagetiere. Es gibt auch Reptilien in Form von Eidechsen und einige Amphibien, hauptsächlich Frösche und Kröten. Sehr interessant ist die Vielfalt von Vögeln und Meerestieren an den Küsten bzw. im Meer.